La nouvelle organisation autour des départements chargés d'élaborer des contenus de formation et d'enseignement concerne aussi la recherche.
Les quatre départements (Sciences-Technologies-Santé, Sciences Humaines et Sociales, Lettres-Langues-Arts, Économie et Gestion) sont dotés de correspondants recherche qui coordonne les actions et rassemble les informations.
Des axes interdisciplinaires prioritaires sont définis par la politique de l'établissement et s'ajoutent à l'organisation en départements.

Jusqu'à l'été 2009, la recherche était organisée autour de quatre pôles : l'IREG (SHS), Ecole et société, le PREMST (mathématiques-sciences techniques), l'IRELLA (lettres-langues arts).

La recherche est coordonnée par une commission recherche qui se réunit tous les mois. Elle est présidée par le directeur, Régis Bernard et la chargée de mission, Anne-Marie Mercier et réunit les coordonnateurs recherche des départements et les responsables des axes prioritaires.